کتاب عشق سال‌های وبا، داستانی عاشقانه از سال‌های آخر سده‌ی نوزده و سال‌های ابتدایی سده‌ی بیستم است. فرمینا و فلورنتینو دو عاشق دلداده‌ای هستند که دور از چشمان دیگران با نامه‌نگاری با یکدیگر در ارتباطند. مشکل اما زمانی به وجود می‌آید که پدر فرمینا از ماجرا بو می‌برد. او از فرمینا می‌خواهد که ارتباطش را با فلورنتینو قطع کند. اما با مخالفت دخترش روبه‌رو می‌شود. پس تصمیم می‌گیرد برای محافظت از دخترش خانواده‌اش را به شهری دیگر منتقل می‌کند. ارتباط فرمینا و فلورنتینو از طریق تلگرام هنوز برقرار است. اما باگذشت زمان فرمینا ادامه دادن به این رابطه را دور از عقل می‌داند. همان زمان است که دکتر اوربینو، متخصص بیماری وبا از راه می‌رسد...